古生态研究组参与完成成果入选2023年度中国古生物学十大进展

中国科学院西双版纳热带植物园古生态研究组李树峰研究员参与中山大学生命科学学院金建华教授团队、University of JohannesburgAlexei A. Oskolski教授合作完成的成果《低纬度地区植物如何响应末次冰期以来的气候变化？》入选2023年度中国古生物学十大进展。

研究揭示拟南芥孤儿基因QQS调节花粉发育的分子机制

植物中孤儿基因的出现可能是植物不断适应环境的进化结果，其功能可能促进植物的生存。近年来，拟南芥特异性孤儿基因Qua Quine Starch（QQS）在植物发育和环境适应中的作用受到越来越多的关注。然而，QQS调控花粉发育的分子机制以及转录激活因子如何在这一过程中促进QQS的转录仍知之甚少。

橡胶林中克隆片段化对裸叶石韦的影响

附生植物是位于林冠-大气交界面的生物类群，在维持森林生态系统的多样性和稳定性方面发挥着重要作用，其对气候变化与人为干扰尤为敏感。裸叶石韦（Pyrrosia nuda）是橡胶林林冠的一种优势附生植物，具有典型的根状茎克隆生长习性，人类活动与自然干扰对附生植物影响如何我们知之甚少。

热带地区树木的植物化学多样性和植食性更高

通过比较代谢组学、多样性指数、系统发育比较分析等分析方法，开展群落水平上树种化学多样性沿环境梯度的分布规律研究，并结合树种叶片的植食率和昆虫食性比例，探究树种叶片化学多样性格局与植食性选择压力的相关性。

云南特有樟科植物系统分类学研究进展

樟科植物是重要的基部被子植物类群，广泛分布于世界的热带和亚热带地区，在中国的特有性中心几乎全部位于热带地区，主要集中在云南的南部与东南部、广西西部、海南和台湾。

亚热带常绿阔叶林和亚高山针叶林土壤呼吸动态及异养呼吸对增温的敏感性比较研究

土壤呼吸（Rs）是异养呼吸（Rh）和自养呼吸（Ra）的综合结果，约占陆地生态系统呼吸总量的50-75%，对全球碳循环至关重要，在生物地球化学模型中起着不可或缺的作用。全球变暖日益加剧，了解森林土壤Rh和Ra对变暖的响应对于预测全球碳循环具有重要意义。

山地环境和基因型共同驱动横断山特有植物的适应性进化

高山植物多样性可能由山地环境和基因型共同塑造，为探讨高山植物的适应性机制提供了实验证据和研究框架，也为高山植物及其遗传多样性资源的就地保护提供科学依据。

生态产品价值实现促进社会经济绿色转型

（1）约98%的试点实现了综合效益的提升，且在生态环境、空气质量、经济发展和景观连通性等方面均显著优于非试点；（2）试点普遍呈现空间聚集性和溢出效应，对周边地区具有正外部性；（3）试点的产业结构进一步优化，呈现第一产业、第二产业与第三产业深度融合的绿色转型特征。

望天树叶功能性状沿不同树高垂直梯度的变异

天树能够更自由地调整功能性状以适应特定的精细尺度环境，从而保持整体冠层性能以及增强其生态适应性。此外，不同的光合生理性状测量方式会显著影响测定参数的结果。该研究有助于有助于进一步理解林冠树种对环境变化的生态适应策略和森林生物多样性的维持机制，为受损及退化的森林生态系统的修复与重建提供实践指导。

诱集植物通过影响茶蚜-蚂蚁-天敌食物网提高茶叶品质

发现间作大叶千斤拔能够诱集茶蚜，吸引蚂蚁和天敌等跟随转移，提高茶园蚜虫-蚂蚁-天敌食物网的复杂性。诱集植物通过级联效应不仅显著提高了天敌数量（31倍），并且增加了天敌的物种丰富度（57%）。通过天敌调控了诱集植物上茶蚜数量，有效防止其向邻近茶树的扩散。此外，诱集植物还能提高茶叶品质，茶叶可溶性糖分增加了8%，总酚/游离氨基酸比值降低了26%。该研究表明豆科植物大叶千斤拔能够成功诱集茶蚜，有助于诱集植物在茶园害虫综合治理（IPM）中的应用。

过表达JcFT能够恢复木本植物小桐子中赤霉素对开花的抑制作用

这项研究揭示了赤霉素对小桐子开花的抑制作用是通过JcFT介导，并展示了JcGA20ox1、JcGA2ox6和JcFT对农艺性状的影响。研究还指出了赤霉素代谢基因和JcFT在培育木本油料植物新品种中的潜在价值。本研究揭开了植物生长中的“开花”之谜，为未来培育更好的植物品种提供了新的思路。

牛油果T2T参考基因组组装助力脂肪酸生物合成和抗病性相关基因鉴定

西印度品种的牛油果包含40,629个蛋白质编码基因，应用迭代识别和聚类方法预测了12个染色体特异性的着丝粒序列（CSCR）。这些CSCR序列结构复杂，包含了多种类型的TEs，具有较低的HiFi和ONT reads的覆盖深度，特别是染色体Pa03和Pa07的长着丝粒区域。研究团队应用荧光原位杂交（FISH）技术进一步验证了牛油果基因组序列中所有预测的着丝粒、端粒和核仁组织区域（NOR）的准确性。此外，研究团队鉴定了376个与疾病抗性相关的NLR基因，以及128个与脂肪酸生物合成相关的基因，其中在三酰甘油（TAG）形成阶段，Pa07g1095、Pa07g1091和Pa12g0002（FAD2基因）在果实中特异性表达，这一发现为理解牛油果中脂肪酸生物合成提供了新的见解。

不同参考基因组对RAD-seq分析中SNP Calling的影响

该研究围绕两种不同参考基因组：使用近缘种（即枫杨：Pterocarya stenoptera）作为参考基因组，以及利用物种本种（即黄杞）作为参考基因组。研究发现在使用物种本种作为参考基因组与使用近缘种作为参考基因组之间获得的SNP数量存在显著差异，即本种作为参考基因组产生的SNP数量明显多于使用近缘种作为参考基因组的情形。这一结果表明，选择物种本种的参考基因组为SNP Calling的最优方案；若物种本种参考基因组不可用，则可考虑使用近缘种的参考基因组，同时建议避免选用亲缘关系较远的物种。此项研究强调了参考基因组选择对SNP Calling的影响，丰富了我们对RAD-seq数据分析的理解。

二氧浓度升高对亚热带植物叶片气体交换、生长和水力结构的影响

常绿和落叶植物的生物量随着CO2浓度升高均增加，其中常绿植物物种间的变异较大。相对于常绿植物，落叶植物的叶比导率随着CO2浓度的升高得到的促进作用更强，CO2浓度升高的情况下叶比导率的变化主要受到生物量的影响。CO2浓度升高促进了枝条水分输导能力与叶片气体交换、磷含量以及生物量之间的协同关系。该项研究有助于预测在气候变化的背景下亚热带森林的树木生理特征、生长以及群落演替的变化。

豌豆经典卷须突变体调控基因的研究进展

利用常规PCR和测序分析进行精细定位发现，AF基因座高度关联到两个串联排列的PsPLAM1a和PsPLAM1b基因，它们都编码C2H2的锌指蛋白转录因子，与已报道的蒺藜苜蓿PALM1、鹰嘴豆MPL1和耧斗菜POP为直系同源基因；在af突变体中包含PsPLAM1a和PsPLAM1b的基因座发生了复杂的大片段的缺失。进一步原位杂交显示PsPALM1a和PsPALM1b在早期复叶原基基部小叶原基中特异性高表达，而在复叶原基顶部（将来发育为卷须的区域）和托叶原基低表达。

寄生习性驱动菟丝子属的质体基因组结构变异和基因丢失

旋花科植物的质体基因组结构变异多样，其中结构重排有9种类型和IR边界扩张收缩有6种类型。比较分析显示这些结构变异与寄生生活型转变密切相关，同时IR边界扩张收缩和大重复片段可能加剧了结构变异。菟丝子属的质体基因组退化呈现为渐进式，仅Grammica亚属的Ceratophorae组中三个种中发生大量的基因丢失。

云南景谷发现见血飞属荚果化石

见血飞属（Mezoneuron）为豆科云实亚科（Caesalpinioideae）木质大藤本，是指示热带环境的典型类群。其豆荚特化为纸质翅果，腹缝线具翅，果翅脉不规则，形态特征具有较高的辨识度。

东亚亚热带常绿阔叶林的起源

东亚东南部的亚热带常绿阔叶林是在中新世中期之后由亚洲热带雨林演变而来。而西南地区的亚热带常绿阔叶林则更为古老，其植物区系成分可能在渐新世时期就已基本形成，并随着时间的推移逐渐演化为现今西南部的亚热带常绿阔叶林。

低温增强植物免疫应答的分子机理解析取得进展

研究揭示了ICE1调控植物免疫应答的新功能，阐明NPR1–TGA3/ICE1模块对植物在低温条件下抵抗病原菌侵染的关键作用。深入解析ICE1协调与免疫应答相关环境信号的关键作用可以拓宽我们对植物–病原体–环境相互作用的理解。

生态系统中食草动物驱使下笼状防御结构的进化过程：先阻断后刺痛

现今植物对大型哺乳动物的结构防御策略是逐步进化产生的。首先，植物在中等食草动物压力的环境下产生了密枝，随后在强食草动物压力的环境下形成了刺。研究结果强调了密枝作为食草动物防御策略的适应性价值，并明确了大型食草动物是塑造木本植物结构的主要驱动力。