朱华研究员从传统植物区系地理学研究上，发表了一系列论文论证了云南植物区系主体上可能起源于第三纪热带、亚热带性质的东亚植物区系，随着喜马拉雅的隆升，云南西北部地区受到主要是世界性和北温带植物区系成分的渗透并在这一地区大量物种形成，演化为现今的以世界性和北温带分布的科和属占优势的温带植物区系，而云南南部随着印度支那地质板块向东南亚的逃逸，热带亚洲成分渗入，演化成以热带亚洲成分为主的热带植物区系(Zhu, H. 2008a,  Annals of the Missouri Botanical Garden 95: 661-680; Zhu, H. 2008b, Tropical Conservation Science 1: 34-42; Zhu, H. et al., 2009, Botanical Studies 50(4): 467-475; Zhu H. 2012, PLoS ONE 7(9): e45601; Zhu H. 2015, Phytotaxa 203(3): 231-244; Zhu, H. 2016, Annals of the Missouri Botanical Garden 101: 750-771.) 

　　为了验证传统植物区系地理学研究的结果是否经得起现代系统发育关系研究的考验，朱华研究员与杨洁副研究员一起，指导硕士研究生刘水银，从云南南部、中部和西北部植物区系组成上，分析了它们的系统发育关系（系统发育结构和beta多样性格局），发现云南南部植物区系的系统发育格局基本是分散的，特别是热带亚洲分布和热带亚洲至热带澳洲分布属的净亲缘关系 (NRI)较分散，但在末端分支上最近亲缘关系 (NTI)呈现出局部聚集，这显示了这些地理成分可能是随着印度支那板块向东南方向逃逸，它们逐渐地、分散式地由热带亚洲植物区系迁移、就地进化而演化形成，演化时间相对较短。云南西北部的植物区系组成总体上表现出显著的聚集结构（在净亲缘关系和最近亲缘关系上），特别明显的是温带分布属，说明有大量近亲物种的存在和演化，反映了随喜马拉雅-青藏高原的快速抬升，促使西北部大量新生物种快速地就地进化。云南南部、中部和西北部植物区系之间热带成分具有更高的系统发育相似性和更小的最近系统发育距离，反映了这三个地区的现代植物区系在喜马拉雅快速抬升前可能具有相同的植物区系起源背景。 这些研究结果进一步支持了从传统植物区系地理学研究上提出的云南植物区系的起源与演化的观点。 

　　这项研究从系统发育关系上验证了云南植物区系的起源与演化理论，以 A Phylogenetic Perspective on Biogeographical Divergence of the Flora in Yunnan, Southwestern China 为题在 Scientific Reports 上发表。

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云南三个代表地区植物区系属水平上的系统发育结构（NRI）