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版纳植物园生物信息数据分析工作站投入运行

发布时间:2015-01-14
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  为进一步完善版纳植物园二代高通量测序平台,满足大量测序数据的处理分析,版纳植物园公共技术服务中心通过2014修购专项购置了一套适合版纳植物园现阶段的生物信息数据分析工作站(小型高性能计算机群)。它不仅能为生态学相关数学模型的建立提供操作平台,而且对生物信息学相关数据的比对、拼接和分析等提供硬件支持,填补我园信息化评估超算项的空白。  

    2014121日至20151月12日,公共技术服务中心的工作人员协同仪器工程师对该工作站进行开箱、安装、调试、培训、验收和试运行。  

  此次安装的数据分析工作站为惠普Proliant系列高性能计算机集群系统,总体峰值计算能力5.4万亿次,实测linpack效率达到97%;计算部分由8HP刀片服务器(配置2E5-2670 10核处理器)和2HP大内存服务器(配置1.514TB内存和4intel xeon E7-4870 15核处理器)组成;管理部分为5台机架式服务器;计算网采用56Gbps infiniband高速互连,并通过3IO节点连接到100T的并行存储;管理网络采用千兆以太网。在网络安全方面,架设了硬件防火墙,外网通过VPN方式访问。存储部分采用HP MSA 2040双控制器模块化存储阵列读写存储。为保证数据存储安全,采用了RAID5磁盘阵列技术、热备份和冷备份三保险。系统除了安装部署ParaPlus机群管理软件、Redhat Linux6.5企业版操作系统、作业管理系统LSF之外,也安装调试了生物相关串行、并行数据分析应用软件,如bowtie(序列比对),bwa(序列比对),clustalw-mpi(多序列比对),crop(聚类分析),mpiblast(并行比对),R(支持包),SOAPdenovo2(组装),stacks(重测序),Trinity(转录组velvet(组装)等。  

  在安装调试期间,仪器工程师对仪器主要管理人员进行仪器操作和维护培训,对园内课题组相关研究人员进行软件操作培训。  

  仪器安装调试完成之后,版纳园修购工作组先后组织2次验收:(1修购工作组组织园内外的技术专家(昆明植物所、昆明动物所)11人组成了专家组,召开设备验收小组第1次验收会议,对生物信息数据分析工作站采购项目(计算部分)进行技术验收;科技外事处在现场对整套设备进行软硬件设备查验,审阅核实了有关材料,测试了系统性能指标,经提问、答疑和讨论后,通过了计算部分的验收;(2精密空调安装完成,验收小组进行第2次验收,对采购项目进行整体验收。2次验收均顺利通过。  

  目前,该工作站已进入面向全园进行仪器运行的试运行阶段,有5个课题组参与测试。满足了我园大量测序数据的处理分析。该工作站的安装和运行将为我园未来建设集数据服务积累经验。   

  生物信息数据分析工作站 

  仪器验收系统性能指标测试 

  工程师对仪器管理人员问题解答 

  工程师对仪器管理人员及用户进行培训 

本文作者:曹力

责任编辑:杨君_151c53
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