• 动植物关系组

• 古生态研究组

• 化学生态研究组

• 节肢动物行为与生态研究组

• 林冠生态学研究组

• 森林生态系统结构、功能与动态研究组

• 恢复生态学研究组

• 全球变化研究组

• 树木年轮与环境演变研究组

• 土壤生态研究组

• 协同进化组

• 植物进化生态组

• 群落构建与物种共存研究组

• 生态水文研究组

• 植物生理生态学研究组

• 生物地理与生态学研究组

• 生物入侵生态学研究组

• 生物信息研究组

• 植物分子生物学研究组

• 植物激素调控与环境适应性研究组

• 园艺植物育种研究组

• 植物功能基因研究组

• 营养免疫与功能性食品研究组

• 民族药研究组

• 能源植物分子育种研究组

• 生物能源研究组

• 农林复合生态系统研究组

• 药用植物栽培技术组

• 植物矿质营养研究组

• 热带稻种保护与遗传改良研究组

• 作物保护与育种基地

• 种子生物学研究组

• 生物多样性研究组

• 动物行为与环境变化研究组

• 植物系统发育与保护研究组

• 群落生态与保护研究组

• 支撑系统-标本与种质保存中心

• 宏观进化研究组

• 景观生态学研究组

• 植物多样性与保护研究组

• 兰科植物多样性与保护研究组

• 藤本植物研究组

• 药用植物种质资源保护与利用组

• 蕨类研究组