上世纪中期，群体遗传理论体系逐渐成为进化生物学核心理论的基础。其中，关于杂交在生物演化中的作用，一直是进化生态学家争议的焦点、难点问题。早期进化生态理论以及实验研究工作认为，杂交抑制种群分化和局域适应，并引起多种群遗传结构的同质化。关于杂交能否促进种群分化、或能否提升种群分化程度的内容，鲜有提及。伴随高通量DNA测序技术发展，海量基因数据被用于进化生态学研究。版纳植物园植物进化生态学研究组孙永帅博士及其团队成员等以丽江云杉复合体的4个变种为研究材料，利用群体基因组学研究方法，提出并论证了杂交提升种群分化程度的论点。 

　　丽江云杉复合体4个变种各具有独特的形态特征、遗传结构和生态位，分布于我国云南、四川和西藏的部分高山地区。混交（admixture）分析显示，4个变种间发生有高水平的基因交流，混交后代多分布于变种相邻区域。演化模型比较研究支持变种间高水平基因交流结果，并推断该复合体经历了复杂的网状（reticulate）演化历史。在该演化背景下，孙永帅博士提出一个新方法检验并鉴定种群间渗入基因；并将变种间高分化基因集与渗入基因集做耦合分析。结果表明，大量渗入基因帮助提升种群分化程度。该研究结果以Reticulate evolution within a spruce (Picea) species complex revealed by population genomic analysis为题发表于Society for the Study of Evolution（译：进化研究学会）会刊《EVOLUTION》，孙永帅博士为论文第一作者和通讯作者，四川大学刘建全教授同为通讯作者。 

新方法

耦合分析