中国科学院西双版纳热带植物园建立于1959年。在建园的初期，为服从于经济建设的需要，主要任务是进行“植物资源的开发、利用”，就是建设各种经济植物的试验地。在20世纪80年代后期，根据国内外植物园及其科研发展的趋势，西园调整科研任务为“植物资源的开发、利用和保护”，曾把少数课题结束后的试验地改建为某类植物专类园（区）；至90年代，随着西园开展的一些生物多样性课题和科普教育、生态旅游的发展，又有一些植物专类园(区)在原有的试验地上建立。在2000年《万种园》项目实施前从58个国家和地区引种栽培了4000种左右的热带植物，建立了棕榈园、百竹园、榕树园、龙脑香园、热带百果园、百香园、奇花异卉园、名人名树园、民族植物园、荫生植物园、树木园、水生植物区、滇南濒危植物迁地保护区13个植物专类园（区）。
2000年，根据国际植物园保护组织(BGCI)新近出版的《植物园保护国际议程》一书中，对植物园下了新的定义，提出了“拥有活植物收集区，并对收集区内的植物进行记录管理，使之可用于科学研究、保护、展示和教育的机构被称为植物园”。此定义所说的“活植物收集区”（Living collections）就是我园所称的“植物专类园（区）”。因此，植物专类园（区）的建设在植物园中处于核心的地位。它是植物园新引种的成千上万种栽培植物的最重要载体，成为植物园所收集的物种及其遗传多样性迁地保护的基地，也为有关科学研究、知识传播和生态旅游等提供了重要的条件。同时，随着地球植物资源受严重威胁、物种大量消亡。植物园在经济社会建设及其可持续发展的作用愈显重要。在植物园建设中，植物专类园（区）是植物多样性的最重要的载体。因而2000年在科学院、云南省各级领导和有关部门的关心和支持下，中国科学院西双版纳热带植物园开展了《万种园》项目的实施，《万种植物园》项目是院省合作的“十五”重大科技创新项目。该项目在实施过程中，总结我园40年来对热带植物的科学研究与引种栽培的历史实践经验，以及中科院提出的“突出各专类园区特色”要求，经反复论证并根据本园的学科定位和多功能的性质，以及“人无我有，人有我佳”与“有所为和有所不为”的原则，以丰富的科学内涵、优美的园林景观和显著的地方（或民族文化）特色为植物专类园（区）建设的原则。改造和建设34个植物专类园（区）。对于这34个已建的植物专类园（区），按“异中求同”的方法，它们可分为植物专科专属专类园、生态类型专类园、经济类型专类园、文化类型专类园和综合类型专类园等5类。 我园植物专类园区由项目实施前（1999年）的16个增加到34个。
《万种园》项目后的05-07年，西园再次得到科学院、云南省的支持，三年间实施了《物种保存与可持续发展能力建设》项目，在这期间，立足优化重要园区的景质量和物种保存结构，西园又建成了百花园，改造了棕榈园、姜园，并于07年的12月4日顺利通过了科学院的验收。同时，为优化西园的专类园景观，通过三年的建设，又逐步增加了栽培植物野生类型园、能源植物专类园、热带典型科植物专类园、藤本园，并将增加河漫滩季雨林专类园。该项目即《热带植物专类园景观优化》实施方案并通过论证。
